"Главбух". Приложение "Учет в строительстве", 2006, N 4
Вопрос: Можно ли к двум актам по форме N КС-2 за один и тот же отчетный период оформить одну справку по форме N КС-3? Например, к двум актам на 50 000 руб. каждый выставить одну справку на 100 000 руб. и один счет-фактуру на эту же сумму.
Ответ: Да, можно.
Форма N КС-3 характеризует общую стоимость выполненных работ и затрат по договору подряда за отчетный период, поэтому оформление одной справки на несколько актов по форме N КС-2, на наш взгляд, допустимо. При этом в справке рекомендуем расшифровать итоговую сумму 100 000 руб.: "В том числе по акту N 1 - 50 000 руб., по акту N 2 - 50 000 руб.".
Если два акта по форме N КС-2 характеризуют неделимый результат (например, штукатурка стен и их последующая окраска), в этом случае нужно оформить единый счет-фактуру - на полную стоимость работы. Но если этапы работ, отраженные в актах, имели самостоятельное значение, то и счета-фактуры необходимо выставлять к каждому из актов. Составление "сводного" счета-фактуры для строительных работ не предусмотрено (см. Письмо МНС России от 21 мая 2001 г. N ВГ-6-03/404).
Е.Ю.Диркова
Генеральный директор
ООО "БИЗНЕС-БУХГАЛТЕР"
Подписано в печать
16.10.2006

Добрый день!По договору на строительство жилого дома "Застройщик" (Казенное предприятие г.Москвы) ежемесячно закрывает выполнение строительно-монтажных работ "Генподрядчику" (ООО) по формам КС-2, КС-3. Но в договоре написано, что КС- и КС-3 являются промежуточными и необходимы только для контроля выполнения Генподрядчиком объемов работ в сроки, установленные договором и освоения объемов финансирования, счет-фактура за выполненные работы так же не выставляется. Счета-фактуры выставляются только на авансы со всех оплат, полученных Генподрядчиком, а в конце строительства дома, после подписания КС-11 будет выставлена счет-фактура на всю сумму выполненных работ.Вопрос: Возможно ли у себя в учете Генподрядчик будет проводить ежемесячно выполнение по формам КС-2, КС-3 и выписывать счет-фактуру на выполненные работы. Соответственно платить НДС не с авансов, а с выполненных работ. И прибыль начислять ежеквартально.

Если договором не предусмотрена поэтапная сдача работ, и составляются промежуточные КС-2, служащие основанием для расчетов с заказчиком, подрядчик не может отражать в учете выручку до передачи всего объема работ заказчику.

Поэтому суммы, полученные от заказчика, являются авансами, которые не нужно включать в налоговую базу по налогу на прибыль. НДС с этих сумм нужно начислять как с аванса (а не как с реализации) по расчетной ставке.

Обоснование данной позиции содержится в материалах рекомендаций «Системы Главбух» vip-версия

Сторонами договора строительного подряда являются подрядчик и заказчик (ст. 740 ГК РФ).*

При этом заказчиком по договору может быть:

Застройщик;

Технический заказчик, уполномоченный застройщиком выполнять организационные функции по строительству объекта;

Генподрядчик (при заключении договора субподряда).

Документальное оформление приемки-передачи работ

Приемка-передача работ по договору строительного подряда оформляется актом, подписанным заказчиком и подрядчиком. Такой порядок применяется независимо от длительности выполнения работ по договору. Это следует из положений пункта 4 статьи 753 Гражданского кодекса РФ.*

Для оформления приемки-передачи работ организация может воспользоваться унифицированными формами документов, утвержденными постановлением Госкомстата России от 11 ноября 1999 г. № 100. К ним относятся:*

Акт о приемке выполненных работ (форма № КС-2) (составляется на основании данных журнала учета выполненных работ по форме № КС-6а);

Справка о стоимости выполненных работ и затрат (форма № КС-3);

Акт приемки законченного строительством объекта (форма № КС-11).

При этом такие документы должны содержать обязательные реквизиты, предусмотренные частью 2 статьи 9 Закона от 6 декабря 2011 г. № 402-ФЗ. Кроме того, их должен утвердить руководитель организации (ч. 4 ст. 9 Закона от 6 декабря 2011 г. № 402-ФЗ).

В акте о приемке выполненных работ (например, по форме № КС-2) приведите перечень работ, выполненных подрядчиком за отчетный период, с указанием их стоимости. Акт о приемке выполненных работ (например, по форме № КС-2) может быть составлен в двух случаях:*

При приемке заказчиком этапа работ, если поэтапная приемка предусмотрена условиями договора подряда;

Для определения стоимости выполненных подрядчиком работ за определенный промежуток времени с целью осуществления промежуточных расчетов, если такие выплаты предусмотрены условиями договора.*

В первом случае подписание акта о приемке выполненных работ (например, по форме № КС-2) говорит о приемке выполненного этапа работ в соответствии с договором. Риск случайной гибели или повреждения результата работ переходит к заказчику (п. 3 ст. 753 ГК РФ).

Во втором случае соглашением сторон следует предусмотреть, что составление акта о приемке выполненных работ (например, по форме № КС-2) не свидетельствует о приемке заказчиком результатов выполненных работ с переходом на него рисков случайной гибели или повреждения результатов работ. А также, что акты составляют только для проведения расчетов между сторонами. В этом случае такие документы носят промежуточный характер (п. 18 информационного письма ВАС РФ от 24 января 2000 г. № 51). Акты служат основанием для определения суммы очередного авансового платежа и заполнения справки о стоимости выполненных работ (например, по форме № КС-3), которая выставляется заказчику для оплаты.*

Стоимость, указанная в акте о приемке выполненных работ (например, по форме № КС-2), может отличаться от стоимости, указанной в справке о стоимости выполненных работ (например, по форме № КС-3). В частности, в справке, помимо стоимости выполненных работ, отраженной в акте, могут быть внесены данные о стоимости оборудования, подлежащем оплате заказчиком, данные о котором в акт не заносят.

Приемку заказчиком завершенного строительством объекта оформите актом приемки законченного строительством объекта (например, по форме № КС-11).

Выручка подрядчика от реализации работ по договорам строительного подряда относится к доходам по обычным видам деятельности (п. 5 ПБУ 9/99).

Порядок бухучета выручки по договору строительного подряда зависит от длительности выполнения работ.

По этому признаку договоры строительного подряда делятся на:

Краткосрочные (если работы выполняются в течение одного отчетного года);

Долгосрочные (если период выполнения работ занимает более 12 месяцев или если начало и окончание работ приходится на разные отчетные годы).

Такой вывод следует из пункта 1 ПБУ 2/2008.

При этом независимо от длительности выполнения работ:

Выручка от реализации строительных работ включается у подрядчика в состав доходов по обычным видам деятельности (п. 5 ПБУ 9/99, п. 7 ПБУ 2/2008);

Авансы, полученные от заказчика, в состав доходов не включаются и отражаются в составе кредиторской задолженности (абз. 4, 5 п. 3, п. 12 ПБУ 9/99, п. 7 ПБУ 2/2008).

В бухучете выручку от реализации признавайте в соответствии с требованиями пункта 12 ПБУ 9/99.

Основным критерием признания выручки в бухгалтерском учете является приемка заказчиком результатов выполненных работ. Сдачу и приемку работ оформите документами, подписанными обеими сторонами (ст. 720, 753 ГК РФ). Дата составления таких документов является датой отражения доходов в бухучете подрядчика (подп. п. «г» п. 12 ПБУ 9/99,ч. 1 ст. 9 Закона от 6 декабря 2011 г. № 402-ФЗ).*

При расчете налога на прибыль доходом от реализации работ (услуг) является выручка (п. 1 ст. 249 НК РФ). Подрядчики отражают выручку по договору строительного подряда в общем порядке, предусмотренном для налогового учета выручки по другим договорам. Подробнее об этом см.:*

Как отразить в бухучете и при налогообложении реализацию работ (услуг);

Как учесть при расчете налога на прибыль доходы и расходы от реализации произведенной продукции (работ, услуг);

Как учесть при расчете налога на прибыль доходы, относящиеся к нескольким отчетным периодам.

Олег Хороший, государственный советник налоговой службы РФ III ранга

Основанием для вычета НДС по строительным работам, выполненным подрядчиком, являются акты по форме № КС-2. Чтобы застройщик смог воспользоваться вычетом по НДС при передаче результатов работ в капитальном строительстве и строительно-монтажных работ, акт по форме № КС-2 должен подтверждать:*

Либо выполнение определенного этапа работ (если поэтапная сдача работ предусмотрена договором строительного подряда или приложениями к нему);

Либо выполнение всех работ в объеме, предусмотренном в договоре или приложениях к нему (если поэтапная сдача работ договором строительного подряда или приложениями к нему не предусмотрена);

Либо выполнение отдельных монтажных, пусконаладочных и иных работ, неразрывно связанных со строящимся объектом.

На практике акты по форме № КС-2 застройщик и подрядчик могут оформлять ежемесячно, без привязки к какому-либо объему работ или конкретному этапу, определенному договором. Такие документы носят промежуточный характер и используются для проведения расчетов между сторонами. Однако основанием для применения застройщиком вычета по НДС промежуточные акты служить не могут. Из писем Минфина России от 7 ноября 2011 г. № 03-07-11/299, от 20 марта 2009 г. № 03-07-10/07 и от 5 марта 2009 г. № 03-07-11/52 следует, что в ситуации, когда договором подряда (приложениями к нему) не предусмотрена поэтапная сдача работ, а акты составляются на работы, объем которых в договоре не определен в качестве обособленного результата (этапа), входной НДС со стоимости работ подрядчика можно принять только после подписания последнего акта № КС-2. Именно этот документ будет свидетельствовать о принятии застройщиком результата работ в объеме, определенном в договоре (приложениях к нему).*

В то же время денежные средства, перечисленные подрядчику на основании промежуточного акта по форме № КС-2, можно рассматривать как аванс (частичную оплату) в счет предстоящего выполнения работ по договору строительного подряда. При соблюдении определенных условий входной НДС, уплаченный подрядчику в составе аванса (частичной оплаты), застройщик вправе принять к вычету (п. 9 ст. 172 НК РФ). Аналогичные разъяснения содержатся в письмах Минфина России от 31 мая 2012 г. № 03-07-10/12, ФНС России от 25 января 2011 г. № КЕ-4-3/860.*

Ольга Цибизова, начальник отдела косвенных налогов департамента налоговой и таможенно-тарифной политики Минфина России

С уважением,

Ваш персональный эксперт Колосова Наталья.

_____________________________

Ответ на Ваш вопрос дан в соответствии с правилами работы «Горячей линии» «Системы Главбух», которые Вы можете найти по адресу:http://vip.1gl.ru/#/hotline/rules/?step=2

Документ, заполненный по унифицированной форме КС-2, относится к первичной документации, которая отражает факт приема-передачи строительно-монтажных работ (далее — СМР). Форма документа, которая носит рекомендательный, а не обязательный характер, была утверждена постановлением Госкомстата от 11.11.1999 № 100, а затем многократно редактировалась.

Акт формы КС-2, имеющий № 0322005, используется исключительно в строительной отрасли. При оформлении иных выполненных работ (кроме СМР) следует применять стандартный акт приема-передачи.

Как заполняется акт выполненных работ форма КС-2

Для заполнения формы используются данные из заполненной формы № КС-6а «Журнал учета» . Форма документа по приему СМР состоит из 2 частей — табличной и титульной.

На титульном листе указываются:

• полные сведения о сторонах (название, юридические адреса и контактная информация);
• информация о стройке (название и адрес);
• сведения об объекте, на котором велись передаваемые по акту работы;
• коды ОКПО подрядчика и заказчика;
• код по виду деятельности и тип операции;
• информация о заключенном подрядном договоре.

В табличной части документа перечисляются все понесенные расходы по текущим расценкам. Сюда включаются все затраты, понесенные подрядчиком.

Важно! Стоимость передаваемых СМР по документу данной формы указывается без учета НДС.

Затем сведения из КС-2 используются для составления справки, подтверждающей стоимость СМР и затрат. Эти сведения впоследствии понадобятся для заполнения формы КС-3 . Составленный по образцу документ подписывается обеими сторонами (при этом может быть еще третья сторона — инвестор). Количество оригинальных экземпляров формы обсуждается сторонами.

На нашем форуме также можно уточнить информацию по формам первичных документов. Вот , в которой обсуждаем нюансы составления КС-2.

Где скачать для КС-2 образец заполнения бланка?

Бланк для акта выполненных работ КС-2 можно скачать ниже.

Счёт-фактура — это налоговый документ, который оформляется по факту исполнения работ после подписания форм КС-2, КС-3. Счет-фактура подтверждает фактическую отгрузку товаров или оказание услуг и их стоимость .

Зачем требуется после подписания форм?

Счет-фактура требуется для проведения окончательных расчётов и выставления оплаты. Обязанность оформления этого документа определяется статьёй 168 НК РФ . Форму делают в пятидневный срок после приёмки и подписания актов, согласно той же статьи.

Счёт-фактура применяется не только для учета сметной стоимости, закрытой по акту, но и для НДС.

Подробнее о том, что если нет счет-фактуры, а НДС в чеке выделен, то как провести авансовый отчет, читайте , более детально о том, что необходимо знать об учете полученных и выставленных счетов-фактур, узнайте в .

Что послужит основой?

Самый главный вопрос: какой документ является основой для составления?

Могут быть два варианта составления :

1. КС-2.
2. КС-3.

Рассмотрим порядок действий после подписания КС-2. Процедура состоит из двух этапов: согласно Постановления Госкомстата РФ от 11.11.1999 № 100 после принятия работ и выписки акта оформляется справка КС-3. В сумму, записанную в ней, включается цена работы по смете с поправкой и перерасчётом на фактический объём, также в справку заносятся расходы не относящиеся к производству (НДС). Для проведения окончательных расчётов составляется . Как было отмечено в течение пяти дней. Подробнее о том, для чего нужен счет-фактура и продавцам, и покупателям, читайте .

Пятидневный срок формирования документации идёт именно от даты подписания акта выполненных работ, поэтому при составлении рассматриваемого документа отталкиваться нужно от КС-2.

Но по какому документу нужно формировать счёт-фактуру? В данном вопросе существует ряд подводных камней:

1. В акте выполненных работ в отличии от КС-3 не предусмотрено выделение НДС отдельной строкой. Поэтому чтобы избежать вопросов от налоговой, рекомендуется выписывать № КС-3 отдельно к каждой № КС-2. И соответственно счёт-фактуру удобно составлять по форме № КС-2.
2. Актов может быть несколько. Происходит это, когда приёмка идёт в несколько этапов. Чтобы упростить процедуру допускается оформить общую КС-3 на несколько КС-2, которая будет характеризовать суммарную стоимость по договору за какой-либо период.

   В справке желательно расписать подробно общую сумму. Если два акта КС-2 закрывают неделимый итог (например, штукатурка стен и их последующая окраска), допускается общая счет-фактура.

Составление и предоставление главного документа

Согласно вышеизложенного, наиболее благоприятный способ — это одновременная сдача форм КС-2 и КС-3 , либо составление сводной КС-3 по нескольким актам выполненных работ. При этом счёт-фактура оформляется согласно формы КС-3.

Рассмотрим порядок. В счёт-фактуру вносятся суммы из КС-3. Документ нужно выписать в двух экземплярах за подписью руководителя и главного бухгалтера (подробнее о том, кто выписывает счет-фактуру, в том числе с выделенной в ней суммой НДС, читайте в ).

Один экземпляр отправляется заказчику, один остаётся у подрядчика . Унифицированная форма утверждена ПП РФ от 26.12.2011 №1137 .

Теперь об особенностях использования КС-3.

При закрытии работ по КС-3 существует ряд ограничений . Если стадии производства, закрытые актами, можно рассматривать как уникальные виды работ, то и требуется формировать для всех КС-2. Оформление «сводного» счета-фактуры для сдачи СМР не допускается (письмо МНС России от 21 мая 2001 г. № ВГ-6-03/404).

В данном случае, по ходу отчетного месяца производственные участки закрывают столько форм сколько потребуется. Для примера можно рассмотреть вот такой набор СМР:

• Восстановление кровельного покрытия.
• Монтаж проводки.
• Ремонт помещений.
• Ремонт систем отопления.
• Ремонт систем ХГВС.

Также, следует учитывать, что сроки выставления счёт-фактуры относятся всё-таки к форме КС-2 .

В этих случаях выставление нужно производить на основании КС-2. Порядок и шаблон документов идентичны с предыдущим пунктом.

Дальнейшие действия и штрафы за несвоевременную подачу

Законом РФ не регламентируется ответственность за нарушение сроков предоставления счет-фактуры . Только у организации существует возможность получить штраф за отсутствие данных документов. Этот вопрос регулируется ст. 120 Налогового кодекса РФ .

Также существует риск получения штрафа от контролирующих органов за нестыковку дат. Произойти это может в случае, если акт выполненных работ подписывается в самом конце отчётного периода, а счёт-фактура выставляется в начале следующего (более детально о том, взаимозаменяемы ли счет-фактура и акт выполненных работ, читайте ). Такие нюансы, к сожалению, не являются редкими, и могут стать причиной проблем с налоговой инспекцией.

Если же счёт-фактура предоставлена, организация-заказчик должна произвести окончательный расчёт за выполненные работы. Сроки проведения окончательного расчёта регламентируются договором подряда.

Более детально о том, как проводить счет-фактуру, если она пришла с опозданием, читайте .

В заключение хочется отметить, что оформление — это этап не менее важный и должен быть проведён правильно .

По фактическим затратам, подтвержденным первичными учетными документами. При этом сумма документально подтвержденных командировочных расходов не включается в стоимость выполненных работ и не отражается в акте КС-2, соответственно, не увеличивает общую стоимость договора подряда, но она отражается в справке о стоимости выполненных работ (КС-3) не отдельной строкой, а в общей стоимости выполненных строительных работ (сверх НДС, 18%).

Командировочные расходы заложены в локальную смету. При этом размер командировочных расходов, компенсируемых заказчиком, может варьироваться. Если подрядчик подтверждает произведенные расходы документально, то указанные расходы компенсируются заказчиком в полном объеме, то есть в размере фактических затрат. Если же подрядчик документально подтвердить расходы не смог, то в этом случае командировочные расходы компенсируются заказчиком исходя из рассчитанных им нормативов.

Правильно ли такое оформление КС-2, КС-3? На какую сумму должен быть выставлен счет-фактура: на сумму согласно КС-2 или КС-3 или необходимо выставлять отдельно счет-фактуру на выполненные работы и счет-фактуру на командировочные расходы? Если раздельно, то что будет основанием (первичным документом) для выставления счета-фактуры на командировочные расходы?

Каков порядок бухгалтерского и налогового учета у подрядчика по начислению командировочных расходов и по возмещению их заказчиком, относительно НДС и налога на прибыль?

Первоначально хотелось бы обратить Ваше внимание на порядок оформления форм N КС-2, N КС-3. Далее мы рассмотрим, должны ли командировочные расходы, компенсируемые заказчиком, отражаться в вышеперечисленных формах, а также рассмотрим их налогообложение и отражение в бухгалтерском учете.

Оформление форм N КС-2, N КС-3.

По договору строительного подряда подрядчик обязуется в установленный договором срок построить по заданию заказчика определенный объект либо выполнить иные строительные работы, а заказчик обязуется создать подрядчику необходимые условия для выполнения работ, принять их результат и уплатить обусловленную цену (п. 1 ст. 740 ГК РФ). Сдача работ подрядчиком и приемка его заказчиком оформляется актом, подписанным обеими сторонами (п. 4 ст. 753 ГК РФ).

В качестве такого акта используется форма N КС-2 "Акт о приемке выполненных работ", утвержденная постановлением Госкомстата России от 11.11.1999 N 100. Указанным нормативно-правовым актом также утверждена форма N КС-3 "Справка о стоимости выполненных работ и затрат".

Основанием для составления указанных форм служит форма N КС-6а "Журнал учета выполненных работ", который применяется для учета выполненных работ и является накопительным документом.

Форма N КС-2 "Акт о приемке выполненных работ" применяется для приемки выполненных подрядных строительно-монтажных работ производственного, жилищного, гражданского и других назначений.

Форма N КС-3 "Справка о стоимости выполненных работ и затрат" предназначена для расчетов с заказчиком за выполненные работы и заполняется на основании данных Акта о приемке выполненных работ (форма N КС-2). Выполненные работы и затраты в Справке отражаются исходя из договорной стоимости. В стоимость выполненных работ и затрат включается стоимость строительно-монтажных работ, предусмотренных сметой, а также прочие затраты, не включаемые в единичные расценки на строительные работы и в ценники на монтажные работы.

Из вышеизложенного следует, что данные Формы N КС-2 "Акт о приемке выполненных работ" и Формы N КС-3 "Справка о стоимости выполненных работ и затрат" не могут иметь расхождения. Аналогичный вывод содержится в постановлении ФАС Поволжского округа от 12.07.2005 N А55-14926/2004-40.

Итоговая сумма по указанным формам не может не совпадать, исходя из того, что данные из одной формы (КС-2) переносятся в другую (КС-3). Отличие заключается лишь в том, что в Справке по форме N КС-3 указывается сумма НДС и общая сумма с учетом налога. В Акте по форме N КС-2 этого не предусмотрено.

Так как именно Справка о стоимости выполненных работ (форма N КС-3, составленная на основании актов по форме N КС-2) подтверждает объем, срок и стоимость выполненных по договору строительного подряда работ, то именно данный документ служит основанием для признания выручки в бухгалтерском учете и налоговом учете, а также для составления счета-фактуры.

Аналогичная точка зрения содержится в письме УМНС РФ по Московской области от 19.05.2004 N 06-22/7356.

Следовательно, в рассматриваемой ситуации счет-фактура будет составляться Вами на основании данных указанных в Справке о стоимости выполненных работ (форм N КС-3).

Отражение командировочных расходов в формах N КС-2, КС-3.

В данной ситуации необходимо учитывать, были ли указанные расходы изначально заложены в смету. Вы уточнили, что командировочные расходы заложены в локальную смету. В связи с этим при отражении командировочных расходов в формах N КС-2, КС-3 необходимо учитывать следующее.

В соответствии со ст. 709 ГК РФ цена в договоре подряда включает компенсацию издержек подрядчика и причитающееся ему вознаграждение. Цена работы может быть определена путем составления сметы. Цена работы (смета) может быть приблизительной или твердой. В силу п. 1 ст. 743 ГК РФ для договора строительного подряда наличие сметы обязательно.

При составлении сметы учитываются все затраты подрядчика по выполнению работ.

Расчет стоимости строительных работ регулируется Методикой определения стоимости строительной продукции на территории Российской Федерации МДС 81-35.2004, утвержденной постановлением Госстроя России от 05.03.2004 N 15/1.

В соответствии с Методикой затраты, связанные с командированием рабочих для выполнения строительных, монтажных и специальных строительных работ включаются в главу 9 "Прочие работы и затраты" сводного сметного расчета стоимости строительства.

Таким образом, затраты, связанные с командированием рабочих подрядчика для выполнения строительно-монтажных работ (в последствии компенсируемые заказчиком), включаемые в сметную стоимость работ, следует рассматривать как часть цены оказанных подрядчиком услуг.

Как было отмечено выше формы N КС-2 и N КС-3 заполняются, как правило, на основании договорной стоимости и сметных данных. Так как командировочные расходы включаются в сметную стоимость работ, то указанные расходы формирует цену работы. Следовательно, указанные расходы, а также их стоимость должны быть отражены как в форме N КС-2, так и в форме N КС-3.

Налогообложение и командировочных расходов

На основании п. 5 -6 ПБУ 9/99 "Доходы организации" доходами от обычных видов деятельности является выручка от продажи продукции и товаров, поступления, связанные с выполнением работ, оказанием услуг. Выручка принимается к бухгалтерскому учету в сумме, исчисленной в денежном выражении, равной величине поступления денежных средств и иного имущества и (или) величине дебиторской задолженности.

Для целей налогообложения прибыли выручка от реализации определяется исходя из всех поступлений, связанных с расчетами за реализованные товары, работы, услуги, имущественные права (п. 2 ст. 249 НК РФ).

В соответствии с п. 1 ст. 146 НК РФ объектом налогообложения по НДС признается, в том числе, реализация товаров (работ, услуг) на территории РФ, в том числе реализация предметов залога и передача товаров (результатов выполненных работ, оказание услуг) по соглашению о предоставлении отступного или новации, а также передача имущественных прав. Кроме того пп. 2 п. 1 ст. 162 НК РФ определено, что увеличивается на суммы полученных за реализованные товары (работы, услуги) в виде финансовой помощи, на пополнение фондов специального назначения, в счет увеличения доходов либо иначе связанных с оплатой реализованных товаров (работ, услуг).

Так как командировочные расходы, являясь издержками подрядчика, формируют цену оказанных подрядчиком услуг, то на основании изложенного считаем, что сумма командировочных расходов должна включаться в выручку Вашей организации и облагаться НДС и налогом на прибыль в общеустановленном порядке.

Следовательно, счет-фактура должен быть выписан Вами на всю сумму стоимости выполняемых Вашей организацией подрядных работ (с учетом возмещаемых командировочных расходов). При этом, на наш взгляд, он может быть выписан в одном экземпляре (то есть на командировочные расходы выписывать отдельный счет-фактуру не нужно).

В результате в бухгалтерском учете подрядчика будут сделаны следующие записи:

Дебет Кредит - выданы деньги подотчетному лицу (суточные);
Дебет Кредит - отнесена на расходы сумма суточных;
Дебет () Кредит - оплачены расходы по проживанию и проезду работников;
Дебет Кредит